Delen van het huidige Indonesië vielen eeuwenlang onder het koloniale bewind van de Verenigde Oost-Indische Compagnie (VOC). Daarna kwam het gebied in handen van de Nederlandse overheid. De Tweede Wereldoorlog maakte een einde aan het Nederlandse koloniale bestuur toen Japan het gebied veroverde. Na de Japanse bezetting probeerde Nederland het koloniale bestuur te herstellen. Er volgde een onafhankelijkheidsoorlog. In 1949 werd Indonesië door Nederland als onafhankelijke republiek erkend.
Het Nationaal Archief bewaart ruim 700 archieven over Nederlands-Indië (het latere Indonesië). Maar ook bij het Arsip Nasional Republik Indonesia (ANRI) - het Nationale Archief van Indonesië in Jakarta - ligt nog 17 kilometer archief uit de periode 1610-1949.