Ingevolge de Grondwet van 1848 waren de Staten-Generaal betrokken bij het koloniale beleid, waarover de regering voortaan jaarlijks een uitgebreid `Koloniaal Verslag' diende uit te brengen. Artikel 59 van deze Grondwet schreef voor, dat de reglementen op het beleid der regering in de koloniën bij wet moesten worden vastgesteld.

In Nederlands-Indië werd het opperbestuur vertegenwoordigd door de gouverneur-generaal (GG). Regeringsreglementen bepaalden zijn bevoegdheden: in het reglement van 1836 was voorgeschreven, dat de GG verplicht was alle bevelen, hem door of vanwege de Koning of de minister van Koloniën gegeven, op te volgen. In 1854 kwam het door de Grondwet voorgeschreven regeringsreglement tot stand, dat tot 1926 de betrekkingen tussen het opperbestuur (de Kroon) en de Indische regering heeft bepaald.

De GG werd door de Kroon benoemd, waarbij de wet geen bepalingen kende over de duur van de ambtstermijn; wel was het regel, dat de landvoogd na vijf jaar ontslag vroeg. De GG werd in zijn bestuur bijgestaan door de Raad van Indië, een adviserend orgaan, dat (vanaf 1854) diende in te stemmen met belangrijke bestuursmaatregelen en de totstandkoming van ordonnanties. Het reglement van 1854 schreef ook voor, dat onder de bevelen van de GG de verschillende takken van bestuur beheerd zouden worden door directeuren. Deze stonden aan het hoofd van de Indische departementen (Binnenlands bestuur; Onderwijs en eredienst; Financiën), die in 1867 en later werden ingesteld.

Voorts steunde de GG vooral op de Algemene Secretarie, het administratieve apparaat onder leiding van de algemene secretaris, dat onder meer de correspondentie met het ministerie van Koloniën in Den Haag onderhield. De minister bepaalde weliswaar de hoofdzaken van het beleid, maar vrijwel altijd na raadpleging van de GG, die op zijn beurt adviezen inwon en aldus `het raderwerk der Indische administratie' activeerde. Het beleid van de GG moest door de minister van Koloniën tegenover de Staten-Generaal worden verdedigd.

Op gewestelijk niveau werd in Indië het bestuur uitgeoefend door residenten, die leiding gaven aan twee bestuurskorpsen, namelijk een Europees bestaande uit assistent-residenten en controleurs, en een inheems met regenten, wedono's (districtshoofden) en desahoofden.

Behalve Suriname en de Antillen viel tot 1872 ook de Kust van Guinea onder de departementale afdeling West-Indische zaken. Suriname, Curaçao en de overige eilanden kenden afzonderlijke besturen onder leiding van gouverneurs, die rechtstreeks in contact stonden met het departement van Koloniën. In 1865 kwamen de door de Grondwet van 1848 voorgeschreven regeringsreglementen tot stand, die in veel artikelen onderling overeenstemden. Eerder dan Oost-Indië kregen beide gebieden een eigen vertegenwoordigend lichaam, in Suriname Koloniale Staten en in Curaçao Koloniale Raad genoemd. De Staten bestonden deels uit benoemde, deels uit gekozen leden; de Raad kende alleen door de Koning benoemde leden. Beide colleges hadden een medewetgevende taak.

Het departement van Koloniën was belast zowel met de opstelling van de eigen departementale begroting als met de begrotingen van het bestuur in de overzeese gebiedsdelen. Om in tekorten in Indië te voorzien was door gouverneur-generaal Van den Bosch in 1830 het Cultuurstelsel ingevoerd. Dit hield in verplichte verbouw door Javaanse boeren van voor de Europese markt geschikte goederen, die tegen vastgestelde prijzen moesten worden geleverd aan het Indische gouvernement, dat deze producten door de Nederlandsche Handelmaatschappij naar Nederland liet vervoeren en daar ten gunste van de Indische schatkist liet verkopen. Van 1831 tot 1877 leverde Indië aldus een batig saldo op, dat ten goede kwam aan Nederland.

Vanaf 1840 moest de minister van Koloniën namens de regering aan de Staten-Generaal jaarlijks staten van ontvangsten en uitgaven van de koloniën overleggen.. De Grondwet van 1848 bepaalde in de artikelen 59 en 60, dat het muntwezen in de koloniën en de wijze van beheer en verantwoording van de koloniale geldmiddelen bij wet moesten worden geregeld. Dit resulteerde in de muntwetten voor West-Indië (1853) en Oost-Indië (1854) en in de Indische comptabiliteitswet (1864). Omdat de Indische begroting voortaan elk jaar bij wet moest worden vastgesteld, kwamen Indische aangelegenheden veel meer dan vroeger in de Staten-Generaal ter sprake.

Tot 1855 werden de betrekkingen met landen in Azië waarmee geen formele diplomatieke relatie bestond, zoals Japan en China, niet door het departement van Buitenlandse Zaken onderhouden, maar door Koloniën. Ook na dat jaar was het gebruikelijk, dat de minister van Koloniën betrokken werd bij kwesties die in Azië speelden. Bij het aangaan en onderhouden van economische betrekkingen van Nederlands-Indië met andere landen werkte Koloniën nauw samen met de departementen Buitenlandse Zaken en (in latere jaren) Economische Zaken. Tot 1855 werden in Indië geen buitenlandse consuls toegelaten; nadien moest Nederland in veel gevallen instemmen met wederzijdse toelating van consuls in de koloniën.

De rol van Koloniën bij de defensie van de koloniën was vrij beperkt en lag voor een belangrijk deel in het stellen van het financiële kader, dat op de Indische begroting beschikbaar was voor defensie. De marine was rijkszaak, waarover een gedeelde verantwoordelijkheid lag bij de ministers van Marine en Koloniën. De eerste bepaalde welk deel van de vloot in bijvoorbeeld Oost-Indië aanwezig was, maar voor de inzet daarvan was de GG als opperbevelhebber van land- en zeemacht aldaar verantwoordelijk. Ook was de commandant zeemacht in Indië als chef van het Indische departement van Marine ondergeschikt aan de GG en via deze aan de minister van Koloniën. Alle niet-administratieve correspondentie van de marine in Indië met Nederland verliep via het departement van Koloniën naar dat van Marine, waar de inhoudelijke expertise zat.

Wat de defensie te land betreft beschikte Indië sinds 1830 over een eigen leger, het Koninklijk Nederlandsch-Indisch Leger (KNIL), dat ressorteerde onder de GG die met het departement overleg voerde over zaken betreffende de formatie en de inrichting van het leger in Nederlands-Indië. De werving voor het KNIL was in Nederland tot 1909 een zaak van het departement van Oorlog, dat daarvoor beschikte over het Koloniaal Werfdepot te Harderwijk. Van 1890 tot 1909 fungeerde tevens het Korps Koloniale Reserve te Nijmegen als werf- en opleidingsdepot. Het departement van Koloniën was verantwoordelijk voor de verscheping naar de koloniën en de verificatie van de administratie van het depot.

Naast het koloniale militaire personeel vereiste de burgerlijke dienst in de koloniën een constante instroom van ambtelijk personeel. Het departement verzorgde niet zelf de opleiding van de voor de Indische dienst bestemde (hogere) ambtenaren, maar subsidieerde door derden verzorgde opleidingen. Koloniën regelde zelf de uitzending, de verloven, de overtochten en de pensioenen van de ambtenaren en hun gezinnen. De afdeling comptabiliteit zorgde daarbij voor de betaalbaarstelling van pensioenen, wachtgelden, bezoldiging tijdens verlof e.d.

Het departement was ook belast met de keuring, aanschaf en verzending van zogenoemde gouvernementsgoederen, bestemd voor het leger en de burgerlijke dienst in de koloniën. Voor deze taak beschikte de minister, behalve over een bepaalde departementsafdeling, over het Koloniaal Magazijn te Amsterdam, vanaf 1874 Koloniaal Etablissement genoemd, en vanaf 1878 over het Technisch Bureau, dat aan het departement was verbonden. Het laatste orgaan was aanvankelijk belast met de aanschaf en keuring van goederen voor de staatsspoorwegen in Indië, maar kreeg na enige tijd een ruimere bevoegdheid ten aanzien van allerlei technisch materiaal, zoals bruggen, machines, telegraaf en telefoonmaterieel. Het Koloniaal Etablissement had een soortgelijke taak ten aanzien van niet-technisch materieel: levensmiddelen, uitrustingsstukken, kantoorbenodigdheden en gereedschap.